环境公益诉讼制度实施两年来，“全国检察机关共立案公益诉讼案件204446件，其中环境资源领域的公益诉讼案件占办案总数的54.9%。”最高人民检察院副检察长张雪樵在此前新闻发布会上介绍道。2019年以来，行政机关对检察建议的回复整改率达97.1%，绝大多数公益受损问题在诉前得到解决。
为了让污染主体承担修复责任，落实“谁污染，谁治理”，2015年新《环境保护法》第五十八条公益诉讼条款首次将“破坏生态”的行为纳入环境公益诉讼的范围。同时对可以提起环境民事公益诉讼社会组织的条件做出明确界定，赋予了社会组织提起环境公益诉讼的权利。鉴定费用方面，在环境公益诉讼中，检察机关可先鉴定后收费。
“此前，作为环保组织和公众想要真正问责并推动污染企业整改，只能是举报或者曝光，有了环境公益诉讼制度之后，保护环境就有了强有力的抓手。”全国检察机关紧盯黑臭水体治理、涉重金属排放、固体废弃物处置、生活、放射性化学药品管理等领域问题。而数量急剧增长的公益诉讼案得以审判，不仅让污染环境者付出了沉重代价，增大了污染者的违法成本，更有力震慑了潜在的污染者。
不过，“立案难”的门槛被拆除，并不意味着环境公益诉讼的道路已经畅通无阻。环境治理，污染查处只是第一步。比查处污染更棘手的，是污染的修复。有专家表示，目前各地环境公益诉讼的框架基本建立，但各省推进却参差不齐。江苏、浙江、山东、广东等地检察机关积极探索设立公益诉讼损害赔偿专项基金，创新公益修复方式，打通公益保护“最后一公里”。但是，形成强烈对比的是，2015年全国范围内有700家组织有诉讼主体资格，却只有9家提起了诉讼。
环境公益诉讼分为前期调研、立案、庭审、裁判和执行几个阶段。在庭审阶段，双方需要交换证据，环境损害鉴定就在此时进行。最高检等部门有关负责人曾强调，鉴定机构少、费用高、周期长已成为制约检察机关办理环境污染案件的一个瓶颈。此前诉讼进程缓慢的拦路虎之一正是高昂的环境损害鉴定费，根据谁主张谁举证的原则，这笔钱需要原告，也即环保组织提前垫付。检察机关提起行政公益诉讼，既是督促之诉，也是协同之诉。
由于环境诉讼费用相当高昂，再加上因果关系的证明，动辄涉及高科技知识和方法的综合运用，其所需费用往往金额巨大。在各种类型的污染案件中，鉴定费最多的是土壤和地下水污染。诚如就土壤污染而言，那要有资质的机构，以专业仪器在不同点位取土分析取证，面积越大费用越高。很多时候检察机关有限的经费根本无力承担。很多环保组织维持日常运转就很难，提起公益诉讼多半力不从心。
从目前环保公益组织的情况看，自身能力欠缺与资金人才不足，削减了环保公益组织参与公益诉讼的积极性。由于环境公益诉讼原告不得收取环境污染者赔偿的环境修复款,如何保管和使用环境修复款是当前司法实践中的难题之一。但一个愈发明显的信号已然成型：如今环境追责越来越严格，只有环保意识高、社会责任感强的市场主体，才能在市场竞争中立于不败之地。
